Pengadilan Negeri Kupang masuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tinggi Kupang dan daerah hukumnya meliputi wilayah Kabupaten Sabu Raijua dan Kotamadya Kupang dengan luas wilayah Kota Kupang kurang lebih 180,27 km2 yang terdiri dari 6 wilayah kecamatan dan 51 wilayah kelurahan sebagai berikut:
- Kecamatan Kelapa Lima : 5 Kelurahan
- Kecamatan Oebobo : 7 Kelurahan
- Kecamatan Maulafa : 9 Kelurahan
- Kecamatan Alak : 12 Kelurahan
- Kecamatan Kota Raja : 8 Kelurahan
- Kecamatan Kota Lama : 10 Kelurahan
Sementara Kabupaten Sabu Raijua dengan luas wilayah kurang lebih 460,8 km² yang terdiri dari 6 wilayah kecamatan, lima wilayah kelurahan dan 58 wilayah desa sebagai berikut :
| Kecamatan | Ibukota | Jumlah Desa | Jumlah Kelurahan |
| Raijua | Ledeunu | 3 | 2 |
| Sabu Barat | Seba | 17 | 1 |
| Hawu Mehara | Tanajawa | 10 | - |
| Sabu Timur | Bolou | 8 | 2 |
| Sabu Liae | Eilogo | 12 | - |
| Sabu Tengah | Eimadeke | 8 | - |
| Sabu Raijua | Menia | 58 | 5 |
Sedangkan wilayah hukum beberapa Pengadilan khusus pada Pengadilan Negeri Kupang adalah sebagai berikut,
- Pengadilan Tipikor pada Pengadilan Negeri Kupang meliputi 21 Kabupaten/Kota di Provinsi Nusa Tenggara Timur
- Begitupun dengan Pengadilan Hubungan Industrial pada Pengadilan Negeri Kupang meliputi 21 Kabupaten/Kota di Provinsi Nusa Tenggara Timur
